生命分子動態シミュレーション研究グループ

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hokumura_at_ims.ac.jp
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研究内容

タンパク質やペプチドのような生体分子は自由エネルギー極小状態を持つため、通常の分子動力学(MD)シミュレーションではこれらの極小状態に引っかかってしまいます。この問題を解決するためこれまでにレプリカ置換法などの新しい拡張アンサンブル法を提案してきました。この方法を使っていくつかのタンパク質やペプチドの折り畳み過程を明らかにしました。さらに、タンパク質が凝集しオリゴマーやアミロイド繊維を形成することによってひき起こされる神経変性疾患への応用にも関心を持っています。レプリカ置換 MD シミュレーションによりタンパク質凝集体形成メカニズムの解明に取り組んでいます。

アミロイドβペプチドのアミロイド繊維